Per aver detto e scritto che il fascicolo del primo pubblico ministero Maria Emanuela Guerra era praticamente vuoto a 4 mesi dalla morte di Federico Aldrovandi, sono stati rinviati a giudizio per diffamazione dal tribunale di Mantova, la mamma del ragazzo, il direttore e due giornalisti della Nuova Ferrara. Il processo è fissato al 1 marzo 2012. Il magistrato ha chiesto un risarcimento di un milione e mezzo di euro.
"Confesso che ho pianto di rabbia e dispiacere, confessa Patrizia, non me l'aspettavo. In questa battaglia per la verità sulla morte di Federico, che ha avuto un primo e parziale riconoscimento, abbiamo sempre usato l'arma della civiltà e del rispetto. Ora mi vogliono processare per aver detto semplicemente quello che è agli atti del processo e nelle motivazioni della sentenza di primo grado del giudice Francesco Maria Caruso".
Insieme alla mamma di Federico sono stati rinviati a giudizio il direttore della Nuova Ferrara Paolo Boldrini e due redattori del quotidiano ferrarese. Agli atti figurano praticamente tutti gli articoli pubblicati dal quotidiano, che fanno riferimento al ruolo del magistrato nella vicenda che il 25 settembre 2005 portò alla morte del diciottenne Federico, durante un controllo di Polizia. Quattro agenti della questura di Ferrara sono stati condannati a 3 anni e sei mesi per eccesso in omicidio colposo. Come fonte di prova della diffamazione, acquisita nel processo, anche una pagina che riporta le fotografie, separate e distinte, di Patrizia Aldrovandi e di Maria Emanuela Guerra. "La madre di Federico, sostengono gli avvocati del magistrato, sembra guardare con tono minaccioso la nostra assistita, gettando in questo modo discredito sul suo operato".
"Mi dispiace per Patrizia, commenta il direttore della Nuova Ferrara Paolo Boldrini, ha già perso un figlio, ha affrontato un lungo e doloroso percorso giudiziario e ora da vittima dello Stato diventa addirittura presunta autrice di un reato contro lo Stato".
"Tra un anno, attacca l'avvocato Fabio Anselmo che difende la mamma di Federico, trasformeremo il processo a nostro carico in un processo contro il sostituto Maria Emanuela Guerra, porteremo le prove del suo operato".
"Se ci dovesse essere, a questo punto non accetterò più nessuna remissione della querela, spiega Patrizia, non abbiamo paura della verità. L'unica condizione è che la signora Guerra chieda scusa a tutti".
Il sostituto procuratore Maria Emanuela Guerra il 14 marzo 2006 lasciò le indagini , le subentrò Nicola Proto. Il 12 dicembre 2009 il figlio del primo magistrato fu condannato per spaccio di droga a due anni e quattro mesi in un'inchiesta denominata " Bad Boys". Le indagini, condotte dalla squadra mobile di Ferrara, scattarono poche settimane prima del 25 settembre 2005. La Nuova Ferrara è stata querelata anche per aver scritto questo.